да, она будет продолжаться от текущего мастера. и в истории мастера будет два слива этой ветки. как по мне — так это правильно.
а по поводу указанной последовательности выше — я между 4 и 5 делаю
4. забрал с сервера все новое (git pull)
# переставил историю ветки поверх нового состояния мастера
git checkout blabla
git rebase master
git checkout master
5. смерджил изменения (git merge blabla)