Можно грузиться по сети. PXE. NFS работает быстрее флешки (при 1Gb сети) и даже диска (в моём случае). Использовал подобную конфигурацию длительное время, именно с Ubuntu (диск на ноуте умер). Из «нюансов» — нужно собрать ядро (bzImage) со встроенной поддержкой NFS.

Можно грузиться с EXTLinux (с флешки) и монтировать папки по сети (использовал чуть позже, когда появился внешний диск). Алгоритм простой: Ubuntu запускается как Live-CD (c CD/DVD), выполняется штатная установка с загрузчиком GRUB. Не перезагружаясь сразу ставим exlinux загрузчик и удаляем grub. У меня в блоге чуть подробнее (в 7-го параграфа поста)

Для хранилища действительно лучше комп, чтобы не сидеть ночами с прошивками и не переживать, что версии программ старые.

Про сервер. Можно взять б/у Mac Mini (после 2005-го года выпуска). Только вот с диском под контент вопрос открыт (внутри миника стоит 2.5'', который имеет смысл заменить на SSD минимального объема). Может какой-нибудь g-drive, говорят, их почти не слышно.

Про медиатеку. Поставить Plex и взять TV с поддержкой Plex (к примеру, есть поддержка для Samsung). Такая связка обеспечит поддержку всех форматов (Plex Server конвертирует на лету, если нужно). Про Plex пишут много и скрещивают его со всем, с чем только можно. Более того, как только (допустим) Transmission докачал фильм, Plex Server почти сразу включит его в медиатеку (сам сканирует папки на предмет изменений). Для тестирования (до покупки отдельного «сервера») можно поставить на комп и посмотреть, нравится/не нравится.

Про 3D. Если в кино с очками Xpand (на них или написано, или можно определить по тому, что они толстые и «на лбу» окошко прозрачное) не болят глаза/голова — значит активные очки (active shutter 3d glasses) вам подходят. Картинка полного качества, но темнее, чем без очков, от угла обзора ничего не меняется. Очки надо заряжать или менять батарейку. Телек дороже да и очки тоже (я брал ~900р за пару). Второй вариант — поляризационные. Качество картинки будет в 2 раза хуже (половина «строк» уйдет на один глаз, половина на другой) и, если поляризация линейная, то еще и будет меняться в зависимости от того, где сидеть перед TV. Затемнения почти нет. Стоимость меньше. Обычно ни у кого ничего не болит.

Я бы рекомендовал понять, откуда будут браться 3D фильмы, посмотреть в каком они там формате (торрент, 3D DVD, 3D Blu-ray, 3D-TV). В случае с трекером там-же и написано, с чем есть файлы. В остальных случаях с очень высокой вероятностью придётся брать отдельно плеер/тюнер, который будет раскодировать 3D (и звук) и передавать на телевизор через HDMI. Кстати, у Mac Mini есть HDMI выход, почти уверен, что он сможет выполнять и роль 3D плеера (и даже обычного плеера), что позволит снизить требования к начинке телевизора.

Информацию искать начиная с wiki, потом по ключевым.

Попробуйте склеивать не утилитами, а руками. Конкретные команды зависят от ОС. Ну или можно попробовать Avidemux, если он сможет, то при склейке покажет сразу всё «кино» целиком.

Файлы эти стругает скорее всего штука, которая называется stream segmenter, живёт она на стороне сервера, рубит видео на кусочки и добавляет их в плейлист, который пересчитывает плеер. Делается обычно для того, чтобы можно было на ходу менять качество видео передавая куски с разным битрейтом.

Ustream уже смотрели? Плюсом может оказаться наличие десктопного ПО вроде Wirecast, помогающего оформить трансляцию.

Универсального рецепта нет. Даже программы, которые захватывают/скачивают (get-flash-videos, к примеру) работают обычно на чём-то типа плагинов — определяют сервис или метод встраивания и применяют «рецепт» из имеющихся. Нет рецепта — нет загрузки.

Ближе к делу.
Я бы рекомендовал поставить debug версию Flash Player и tracer типа Vizzy. Иногда в отладочном логе можно найти всё, что нужно, вплоть до адреса rtmp потока (или потоков, звук могут передавать отдельно). Вытащить поток из флеша — уже половина задачи.
К примеру, в логах на livestream.com можно найти ссылку на виджет, вроде этой: xy101fmx.api.channel.livestream.com/2.0/widgetinfo, а по ней ссылку на «поток для iPhone» — xy101fmx.api.channel.livestream.com/3.0/playlist.m3u8. Такой поток можно попробовать сграбить напрямую (не скажу, как, не вникал) или запустить в QuickTime Player и сграбить как системное видео/звук.
Надеюсь мой совет если и не решит задачу, то приблизит к её решению.