Некоторые люди в сети пишут, что отключение PLED + HDDLED могут привести к каким-то сбоям в запуске/работе/выключении (точно не помню).
Не сомневайтесь, просто отключите эти проводки от материнской платы и всё. Ответственно заявляю - нигде эти выводы не мониторятся, подключены или нет. Материнской плате совершенно без разницы, есть там подключенный светодиод или нет. А программно эти выводы никак не доступны. На некоторых материнских платах индикатор PLED может плавно гаснуть и плавно загораться или мигать (например, в ждущем режиме), но опять же, наличие или отсутствие светодиода ни одна плата не распознает.