Конфиденциальные данные следует хранить не в переменных окружения а в окружении.
Если вы не используете внешние ваулты, то непосредственно на боевом сервере, доступ к которому защищен от посторонних.
1. Можно хранить просто в конфиг файле, который лежит на сервере.
2. Можно, в принципе, хранить в исходниках в шифрованном виде, а на боевом сервере хранить ключ для расшифровки, но первый вариант лучше.
3. Можно хранить и в переменных окружения, но зачем - они же должны считаться на боевом сервере из какого-то файла, а в этом случае почему бы бэкенду не считать их из файла напрямую? Но тут ситуация такая - чтобы злоумышленник получил переменные окружения он должен проникнуть на сервер либо взломать ваш код, а в этом случае уже не так важно как оно хранится. Другое дело, если на сервер могут зайти посторонние и вы провтыкаете с правами доступа на профайлы.