как можно проверить, что выложенный код совпадает со скомпилированным бинарником?
Нужно собрать самостоятельно при помощи тех же скриптов для сборки, что и в репозитории.
Но далеко не всегда у тебя получится собрать идентичный бинарник, даже если никакого злого умысла со стороны разработчика не было.
Чтобы компиляция была воспроизводимой - нужно приложить специальные усилия, так как на итоговый бинарник влияет не только исходный код, но и окружение (конкретные версии компилятора и системных библиотек)
Есть простые способы проверки соответствия скомпилированного бинарника с такой же версией открытого кода?
Собрать самостоятельно - это и есть самый простой способ.
Ну и ещё если все пайплайны для сборки описаны в этом же репозитории (github actions или просто дана ссылка на пайплайны), то это +1 очко к уверенности, что для сборки используются те же самые исходники.
В любом случае, всякие мелкие или не очень мелкие пакости с большей вероятностью пойдут от мелких разрабов-одиночек, а не от корпораций.