1) Нужно ограничивать доступ пользователю именно к файлу, а не к ссылке, например переместив пользователя или файл в другую группу.
2) Права на доступ к ссылке, это права на доступ к ссылке, а не к файлу. Т.е. если у пользвателя есть право модифицировать сам файл и он пришел к файлу по символьной ссылке (у пользователя есть доступ на чтение ссылки), то пользователь может изменить файл.
3) Если нет возможности выполнить 1), то можно настроить контроль доступа для пользователя через AppArmor или SElinux на данный файл.