Помимо идеологических проблем, проводник windows очень неэффективно работает с диском (не спрашивайте почему, просто FAR-ом с опцией системного копирования операции почему то быстрее проходят), hdd и ntfs по определению не эффективно работает с мелкими файлами, слишком часто дергает головкой диска, под windows нет готовых файловых систем это решающих, но как минимум можно попробовать exfat, она как минимум попроще.
p.s. приостановите работу антивируса на время копирования, так как при каждой записи файла оно (и это 2020 год! позор) заново сканирует файл.