Быстрое решение - построить для этого массива суффиксное дерево
алгоритмом Укконена (или
вот ссылка), потом обойти его, найти самую глубокую вершину, у которой есть более одного ребенка, и вывести путь до нее от корня. Работает за O(n).
Edit:
Вообще есть много решений разной заумности и скорости. Самое быстрое - за линию - я привел выше. Следующий уровень - за квадрат, через
z-функцию (но пишется и понимается проще суффиксного дерева). Для каждого суффикса вашего массива найдите максимальное значение z-функции.
И еще проще, но уже за куб - переберите любые 2 позиции и потом одним циклом считайте, сколько символов с этих позиций совпадают.