Квантовый компьютер требует устанавливать и управлять состоянием всех кубит одновременно, т.е. на каждом шаге квантового алгоритма необходимо устанавливать и менять состояние отдельных элементов, выращивая волновую функцию правильным образом, ожидаемым, то что собственно и составляет смысл алгоритма.
И главное, делать это приходится много раз, что бы посчитать вероятность результата, именно вероятность даст ответ (функцию создают таким образом, что бы правильный ответ дал вполне определенную вероятность).
Т.е. речь не идет о загрузил данные, оно что то там покрутило, и выдало результат... данные должны поступать в квантовую систему в процессе, много раз. Еще момент, входные данные могут не только ложиться в основу стартовой схемы распределения кубит, но и определяться через взаимодействия над этой схемой из кубит. Т.е. данные и код очень сильно перепутаны.
p.s. пример, 'расставляем' атомы на подложке, а затем последовательно возбуждаем те или иные, строго определенным порядком, не считывая результат в процессе (считывание разрушает волновую функцию, собственно ошибки - это помехи от взаимодействия с окружением), только по окончанию, повторяем, обрабатываем результат на классическом процессоре. Допускаю существование алгоритмов, во имя борьбы с ошибками, когда каждая последующая схема влияния на квантовую систему будет меняться в зависимости от предыдущих результатов