Разумеется вредят. Это называется "переходной процесс". Обращали внимание когда-нибудь, что лампочка всегда перегорает при включении? И крайне редко - горела-горела и перестала? Во время включения-выключения переходные процессы в устройстве приводят к их износу, отказам и выходу из строя. Использовать дишманские диски, да в raid0 - да Вы, батенька, экстремал!