Инструкции зашиты в самом процессоре в виде интегральной схемы.
Или что, по-вашему, процессор из себя представляет?
Погуглите слово: opcodes
Программы работают без коллизий, с прерываниями, прибегая к услугам операционной системы, которая, в свою очередь, использует возможности процессора. Современные процессоры поддерживают многозадачность. Хотя многозадачность может быть и на уровне ОС реализована, программно, но очевидно, что аппаратно быстрее.