У вас в самом вопросе есть ответ. Заменить нужно именно базой данных. А тут уже есть над чем подумать, выбирая СУБД. Вполне возможно, вам хватить MS SQL Server Express, а может и нет.
Что касается веб-интерфесов, то написание страничек на ввод данных, дело нехитрое, на формирование документов, в принципе тоже — наибольшее время может занять, собственно, разработка структуры базы и перенос существующих данных.