Добавьте программу в автозапуск с указанием полного пути к exe - "C:\Sandbox\...".
Если запустить программу в папке песочнице по двойному клику, она автоматом запускается в песочнице. Должно и при старте программы сработать. Правда, думаю нужно проследить, чтобы сервис и драйвер SandboxIE запустились первыми. Хотя скорее всего, они и так первыми запускаются, а потом уже пользовательские программы.