twrp - нет. ибо он находится в отдельном разделе "recovery" накопителя андроид. в прошивку системы обычно не вкладывают образ recovery, поэтому это раздел не меняется.
root - с большей вероятностью да.
ибо находится на системном разделе или на пользовательском разделе.
новая прошивка полностью перезаписывает системный раздел и очищает пользовательский (хотя очистку пользовательского можно отключить, но тут возможны косяки с приложениями и все такое).
почитай про
разделы андроид, кто чего содержит и за что отвечает, доп.вопросы исчезнут.