Пробежись по папкам, беря их дату изменения и на базе этой даты кидай папку в архив
что-то типа
find /home -maxdepth 1 -mindepth 1 -type d -exec myscript.sh {} \;
myscript.sh:
zip -m $(stat -c %y $1|cut -d " " -f 1) $1
p.s. на запуск не проверял, потестируй перед тем как запускать на продакшн