Думаю, что удалили критичные библиотеки, которые в зависимостях у ls и других core-utils.
Вспоминайте, не удаляли ли какие-то файлы из /lib, или не обновляли какие-то пакеты, которые скорее всего сбойнули при обновлении.
выполните, если получится
ldd /usr/bin/ls
покажет зависимости, которых нет.