Добавалять/удалять листы в PDF можно с помощью IrfanView или того же imagemagic (консольный, можно автоматизировать процесс), правда там это делается с помощью разбора документа на страницы и склеивания нужных страниц обратно.
Время от времени пользуюсь IrfanView для этих целей.