Предположу, что gnome-system-monitor показывает сумму used + buffers
+ cache, а htop у вас показывает только used. Настройте htop как у меня (в части Mem) - будет интереснее. :)
Upd.
xolst9,
но никак не кеш (+cache)
пожалуй, вы правы, зачеркнул в ответе.