Centos - основывается на старых версиях RedHat. ПО оказывается там одним из самых устаревших(а значит и новые виды угроз могут быть устранены не так быстро) , если судить по известным дестрибутивам. В нем есть репозитории с новым ПО, но сам Centos не рекомендует его ставить для предприятий, ибо не так стабильно.
Ubuntu - дистрибутив основывается на Debian. ПО там относительно стандартного CentOS новее. Больше поддержки и больше туториалов.
Итак вывод - если хотите поставить и забыть, у вас старое железо, вам пофиг на свежесть версий пакетов - Centos. Но не забывайте что мир безопасности развивается и при такой политике ваш сервер через какое то время станет лакомым кусочком для хакеров.
Если вы хотите производительность, у вас новое железо и вы хотите почувствовать что оно действительно новое, так как не все старые версии программ не могут адекватно задействовать всю мощь нового железа, вы новичок и вам хотелось бы в случае проблемы решить её быстрее, т.к. выше я уже написал что поддержка Debian подобных систем более лучше - то Ubuntu (выбирайте lts релиз).
P. S. Личное мнение - я начал с RedHat потом опробовал centos, далее ubuntu и теперь окончательно остановился на debian в качестве сервера. Стабильность и дебиан это синонимы, куча пакетов, относительная свежесть пакетов, подход к разработке более ответственный чем у Ubuntu - вот что важно лично для меня. А ещё из убунту торчат дильдаки, гугли 'искал файл - нашёл дильду'. Мой выбор для сервера debian и вам советую, а вообще надеюсь я написал развёрнуто, выбирайте сами.
