Если вам не подходит с этой целью gitignore, то вы делаете что-то не так.
Заметки в коде или попадают в гит или не нужны вовсе. Для заметок для себя вы можете использовать средства IDE, там вроде есть возможность оставлять заметки не в основном файле с кодом.
Если вам нужно протестировать какой-то пакет, протестируйте его, не коммитя, а потом откатите или добавьте под гит.
Другого способа нет - представьте что файл, в котором вы сделали изменения, не добавленные под гит, поменял другой разработчик и при пулле эти данные пришли. Что будет в таком случае? Гит скажет "у вас незакоммичены какие-то изменения, закоммите их или откатите, иначе не сможете сделать пул".
