Как написать bash скрипт который выполняет все файлы что в папке?

Question

[wolverine777]

Привет,

Мне нужно написать скрипт который будет запускать несколько файлов, находящиеся в одной папке (разом или один за другим - это не важно). file1.fastq, file2.fastq, file3.fastq и так далее при помощи модуля fastqc (это прога такая в биоинформатике если кто не в теме (я и сам про нее позавчера узнал..))

Скрипт который запускает один файл работает вполне себе:

#!/bin/bash
#SBASH --time=20:00:00

module load nixpkgs/16.09
module load fastqc/0.11.8

fastqc /home/blabla/files/file1.fastq
-o /home/outfiles

Однако же в папке /home/blabla/files/ таких файлов 50 штук - в принципе для каждого файла можно было бы написать отдельно строчку но это глупости )))

Таким образом охота написать цикл но пока только получается список файлов вывести:

find -name '*.fastq' | awk '{printf("fastqc \"%s\"\n", $0)}'

Спасибо!

Answer 1

[Pavel Zamyatin]

Как вариант:

find /home/blabla/files/ -maxdepth 1 -name '*.fastq' -exec fastqc {} -o /home/outfiles \;

Comments

[wolverine777]

Спасибо!

Не могли бы пожалуйста прокомментировать последнюю часть?

-exec fastqc {} -o /home/outfiles \;

-exec fastqc {} - что означают {}?
-o /home/outfiles \ - а зачем тут нужен backslash?

Огромное спасибо!

[Saboteur]

man find

{} - это место, куда find подставляет найденные значения.
\; - заканчивает опцию -exec

Answer 2

[chupasaurus]

for file in $(find /home/blabla/files/ -name '*.fastq')
do
  fastqc "$file" -o /home/outfiles
done

Answer 3

[CityCat4]

Едрить, старый топорный метод:

cd /blabla
list=`ls -1 *.fastq`

for onelist in $list
 do
   fastqc $onelist -o /home/outfiles
 done