Переменные окружения, прописанные прямо в dockerfile или docker-compose.yml
Смонтированный каталог хост машины
Специализированны сервер, их тьма как мелких так и крупных типа vault
Пример самописного, секреты выдаются приложению снаружи (в момент развертывания приложения и при их смене) и хранятся во временных файлах /tmp у самого приложения, для этого в инфраструктуре уже должны быть соответствующие средства контроля перезапуска приложений (например если это docker контейнеры) что бы повторно отправлять секреты и мониторить их, в идеале что бы эти команды (на перезапуск) сама система выдачи секретов и отправляла