Мне встречались материнки, в BIOSах которых на странице health можно было установить профиль для каждого кулера, выбирая из трёх - silent, turbo и normal. И несмотря на то, что кулеры там были 3-выводные, вся эта регулировка работала. Значит, какой-то способ есть.
А если нет даже такого, то можно между материнкой и кулером включить либо
ручной регулятор с крутилкой на задней панели, либо маленький блочок с термодатчиком (на Али не нашёл, но где-то мне такое попадалось).