Стоит IspManager, получилось так что наш работник сделал домен приоритетным, прочитав документацию там не было написано про то, что это может повлечь за собой удаление файлов (то что откл. автонастройку поддоменов было указано, но про удаление файлов не подумал да и эта функция не используется), по итогу файлы были удалены сами по себе и потом видимо поддомен перепривязался и получилось так что файлы поддомена пропали, у нас настроена в панели отправка бекапов на FTP, они приходят без проблем, мы взяли бесплатную версию isp manager'a и установили на тестовый сервер и импортировали пользователя за день до этого момента и потом попробовали за 19.05.2019, но почему-то файлы конкретно этого поддомена отсутствуют хотя в настройках бекапов он не отключен, и что самое интересное нету даже стандартного index.html от IspManager. Как-то так. Думаю что файлы были залиты под рутом и поэтому директория пуста, как понять в чем проблема? Восстановил рута и всё равно пусто.
Проверил у себя. На месте файл index.html от приоритетного домена.
Работнику по рукам дайте. Домен приоритетный не для того, чтобы там проекты размещать, а для заглушки и настройки доп. приложений (PMA, Webmail).
И в файловом менеджере надо работать от имени пользователя. Хотя в последнее время заметил, что панель уже сама исправляет владельца.