Я пользуюсь GoodReader и на iPad и iPhone (только на iPhone мелковато читать).
Понимает все нужные мне форматы - можно скачивать из инета прямо в облако, можно к нему в директорию. В общем пользуюсь уже года 2-3 - мне нравится. Единственно он платный, но своих денег стоит.
Мне тоже нравится GoodReader. И как для меня самая ценная фишка, что можно при чтении обрезать поля, которые довольно часто широкие, текст становится крупнее без зума. Пользуюсь года 3, и согласен с LIAL, абсолютно оправданная покупка.