посадил сайт на MODX
посадил дед репку
В этом случае предполагается, что я внесу эти изменения в свой локальный проект, и после этого снова посажу его на CMS? Или что я буду вносить изменения в работающий проект?
есть такая штука контроль версий. Но если Вы их его используете, то что мешает создать себе копию того, что на сервере локально и вносить правки, а потом закидывать по ftp? У Вас наверное есть локальная копия. Тот же phpStorm имеет ftp встроенный и возможность сравнивать версии файлов.
Или что я буду вносить изменения в работающий проект?
Можете вносить в локальный или вносить в кухню распечатанный на принтере код вот только смысл? Конечно если Вы хотите что, бы правки изменяли работающий проект, то надо вносить их в работающий проект.
Каким именно образом?
Правой кнопкой в phpStorm на файле или папке, далее deployment и там upload или sync или compare (в зависимости от необходимости). Удобно хоткей настроить ля этого.