Как wireshark'у сказать, чтобы он смотрел исходящий трафик только от конкретной проги?
Запускаю программу в WindowsXP на виртуалбоксе, который стоит на Debian'е. Акулу запускаю в дебиане. Как прослушать только тот трафик, который генерирует моя программа?
Никак, если вы точно не знаете какой именно трафик она генерирует и по каким портам.
Как wireshark будет отличать его от другого трафика?
Слушайте весь, а уж потом разбирайтесь кто его сгенерировал.
Или обеспечьте чтобы с интерфейса шел только трафик нужной программы, остальной режьте фаерволом.