Есть специальный софт - перезаписывает, да еще и многократно. Искать по выражению "data wipe"
Без специального софта - как сказал
Sanes - просто забить файлами под завязку.
А еще можно физически уничтожить носитель. Это даже быстрее.
P.S.:
Обычное форматирование флешки с FAT не поможет. Сейчас форматирование всего лишь обнуляет таблицы, указывающие на данные, но сами данные, как правило не удаляет.