Установил SDD, на него поставил систему, а с жесткого диска решил удалить системный раздел.
А вы уверены что загрузка идет с SSD? Похоже, что активный раздел у вас на жестком.
И теперь здесь два раздела E...
Нет, разделов у вас на диске всего пять.
Разделы буквы не имеют. Букву имеет том. Том E: у вас расположен на двух разделах.
Как их удалить и сделать разделы все снова базовыми?..
diskpart
list disk
sel disk номер
clean
Удалит с диска всю разметку, после чего заново инициализируете диск, создадите разделы - в общем полностью чистый диск, как с завода.
Только при выборе диска не ошибитесь, и не очистите диск с важными данными.