1. Родное шифрование всей БД (с рабочим индексированием) есть начиная с mysql 5.7 -
статейка
2. Можно использовать раздельное хранение скриптов и базы. Например, на разных хостингах с авторизацией по ключам через промежуточный REST-интерфейс.
3. Ограничить права пользователя БД, указанного в web-скриптах только на определённые операции.
4. Использовать обфускацию серверных скриптов, работающих с БД.
5. Использовать
встроенные функции шифрования, ключи/пароли для расшифровки - хранить в "разорванном" виде (из нескольких частей), разбросанных по нескольким скрипт-файлам и/или своим REST-сервисам: чтобы его можно было получить только собрав все компоненты вместе.