1. Git
https://git-scm.com/
2. Если это возможно, не разделяйте верстку и проект. Например, я участвую в проекте на Django. Мне можно делать всё что хочу с папкой templates, где лежат все шаблоны сайта и с папкой frontend, где лежат исходники фронтенда. Никаких проблем освоить шаблонизатор Django для меня не было, в случае чего - обращаюсь с вопросом в бэкэндеру. Проект каждый у себя локально запускаем с помощью Vagrant + есть тестовый сервер.
Новые страницы он создаёт пустыми, я наполняю статичной версткой, он прикручивает туда вывод реальных данных, дальше правим эти шаблоны в зависимости от задачи - что-то я, что-то он.
Если у вас Bitrix - сочувствую :(