В большинстве случаев никаких "файлов" не существует и не хранится. В браузер отправляется pdf-содержимое, генерируемое на лету на основе данных из БД. PDF — это просто форма отображения информации. Лучше, если вы осознаете, что ваш вопрос может относиться абсолютно в той же степени и к html-файлам, и к картинкам, и к любой другой информации, прилетающей пользователю в браузер по авторизованному запросу.