Что важно для ПС (в том числе и Яндекс):
1) Валидный код (т.е. отсутствие грубых ошибок, чёткая структура, отсутствие следов «нехорошей» оптимизации — клоакинга, «точечных» ссылок и прочих изворотов);
2) Уникальность контента, степень его «переоптимизированности»;
Это в первую очередь.
Мне мой опыт подсказывает, что не важно какая cms была взята за основу. Важно что Вы дальше сделаете со своим сайтом — будете ли наращивать траст, периодически писать уник. контент, помогать ПС индексировать и изучать ваш сайт (xml-карта сайта, каталоги ПС, добавление в панели веб-мастеров, правильная настройка сервера для передачи правильных заголовков и т.п.)
В топах есть блоги на Wordpress, на Drupal… в одном ряду с коммерческими CMS.
НО естественно, что любую бесплатную CMS надо будет «допиливать». Как минимум плагинами для ускорения и оптимизации работы с БД)
Кстати, покупка коммерческой системы — совсем не гарантия того, что код будет супер хорош и правилен.
+ Каждый проект имеет свою специфику. Блогу с посещаемостью 250 уников в день совсем не обязательно запариваться на этом.
А вот интернет магазину стоит задуматься о скорости загрузки своих страниц, думаю не надо объяснять почему)