Привет!
Насколько я понимаю, вас интересует не просто текстовая документация (соответственно, ворд не подходит), вас интересует в чем делается либо проектирование, либо моделирование информационных систем. Для разных уровней есть свои программные средства, к примеру, в институте проектированием баз данных мы занимались в программе ERWin. Аналогов масса. Но если брать уже какие-либо общие модели, то, так же в институте, мы работали с Rational Rose. А вот недавно я познакомился с SAP Power Designer. Как по мне - не очень удобно, но свои задачи решает. Собственно, там можно запроектировать БД - сразу же сделать скрипт для генерации базы. Затем можно составить структуру проекта с добавлением классов/интерфейсов, определения у них методов и т.д. Поддерживаются различные языки программирования (с ограничениями, например, поддерживается c# версии 2.0, хотя уже текущая версия 6), можно заливать как из программного кода в модель, так и из модели делать прегенерацию кода, но довольно-таки корявенько. Есть там, кажется, 9 видов моделей, как это варить читайте в интернетах. Мне для моделирования достаточно моделей базы данных, структуры программы с проектировкой интерфейсов.
