Вы уже указали налог + платеж в пенсионный.
Далее следуют:
- обслуживание счета в банке (особенно, если платят в $, то сюда еще добавляется оплата работы валютного контроля, оплата за обслуживание валютного счета и не самый лучший курс при выводе)
- комиссии при переводе (в зависимости от вашего тарифа, могут отсутствовать)
- расходы на печать документов (кто-то из контрагентов может попросить прислать бумажные версии чего-либо)
- расходы на бухгалтера (если сами не будете делать, но там по мнению многих - все просто и особо смысла нет, опять же, многие используют какую-то систему учета, типа "Мое дело" или "Эльба" - они тоже денег стоят)
Более никаких подводных камней.
p.s. почему 6%, а не патент? Патент дороже в вашем регионе чем возможный 6% с дохода, или нет подходящей статьи патента? Плюс, возможно вы попадете под налоговые каникулы и первые 2 года за патент ничего платить не нужно будет (нужно уточнять, действует ли еще такая льгота).