Наверное, Вам нужен firmware mod kit.
В составе есть binwalk, который по сигнатурам найдет что есть что, и куча разные версий "экстракторов" для разных ФС. Сам распакует всё что сможет (обычно - rootfs), сам запакует (после ваших изменений), если захотите.