Посмотрите в сторону xwiki, там в базовом функционале есть обсуждение любой страницы, а так же есть возможность прикреплять заметки-аннотации прямо на текст, которые в свою очередь отображаются как выделен е такста маркером с всплывающей подсказкой при наведении курсора, а так же как сообщения в обсуждении. Выглядит это примерно так
https://youtu.be/KXn5Sudv3I4
Из минусов для администрирования надо разбираться, да и сама система написана на java со всеми вытекающими плюсами и минусами. Есть интегрция с оффисами, поддержка скриптов и стандартов оформления текста, много расширений, поддерживает русский, но на русском мало инфы, большая часть документации на английском