Я не помню, как там у WOOF , подхватывает ли он разметку автоматом, переопределяет шаблон или надо прописывать ему контейнеры, если правильно помню, а не трогал я его давно, то для каких то тем популярных автоматом, для остальных надо указать.
Но судя по поведению у Вас происходит следующее, при преходе на страницу пагинации он заменяет содержимое контейнера а пагинация находится вне его, при этом он грузит пагинацию снова, смотрите настройки плагина, где указывается класс/id в который надо грузить response
