Закрытый ключ созданный с использованием криптопровайдера CryptoPro CSP (а в вашем случае это так) будет работать только при использовании CryptoPro CSP. В вашем случае нужно либо покупать лицензию на CryptoPro CSP, либо получать новый сертификат, но уже используя бесплатный криптопровайдер
ViPNet CSP.
КриптоАРМ и ViPNet CryptoFile это программы более верхнего уровня, которые работают с криптопровайдерами через Crypto API.