По идее, эти данные нуждаются в защите и ввиду отсутствия какого-либо опыта в криптографии, я не знаю что делать.
По какой идее? Что это за данные и откуда взялись требования по шифрованию?
Что ещё с ними нужно кроме хранения?
Сколько их?
Если это какие-то пароли, то можно использовать уже готовый менеджер паролей.
А мне кажется это сомнительно и вот что я думаю:
Подразумевается работа программы на пк без сети, я хочу чтобы при записи данных они делились пополам - полбайта в файл на пк, полбайта и инструкция как соеденить - на флешку.
Это иллюзия безопасности, не надо так.
Лучше тогда уж зашифровать каким-нибудь сильным алгоритмом типа AES.
Но надо подумать, как происходит работа с этими данными, а то если их много, то целиком всё расшифровывать и защифровывать обратно будет слишком тяжело. А при применении блочных схем есть риск создать дыру.