Как лучше организовать включение / выключение жёсткого диска?
Смотря для чего.
Если для собственного интереса - впаяйте кнопку в разрыв питания.
Если для диска - тогда не мучайте диск, оставьте все как есть.
S.M.A.R.T. сообщил, что колиство запусков уже "перевалило" да и попыток включения тоже,
Количество запусков как правило не является критичным параметрам, что конкретно показывает SMART?
По поводу попыток включения - попытка включения это неудачная попытка, она случается в большинстве случаев из-за проблем с питанием, или подводом питания, т.е шлейфом. Поэтому есть повод проверить блок питания и шлейф.