Первым делом надо сменить порт ssh. Только надо не забыть добавить этот порт в фаэрвол перед тем, как применять настройки в силу.
Потом создаете пользователя, выключаете в конфиге sshd доступ root.
Остальные пользователи будут созданы софтом, которым они нужны. Не вижу смысла деления доступа на более мелкие роли, т.к. если кто-то получит несанкционированный доступ к одному из этих пользователей, он получит доступ всех остальных создных юзеров.
Обязательно, сгенерируйте пары ключей на клиенте и сервере, организуйте авторизацию ключами. - Крайне необходимая штука для деплоя. Потом можно выключить авторизацию по паролю.