главная страница должна в себе содержать ВЧ запросы и можно ли ещё использовать СЧ, вместе с ВЧ запросами?Можно, главное без переспама. Пишите текст для людей, а не для ботов.
Просто главная страница лидирующая и как понимаю, для неё нужно конкурентные запросы, а под разделы уже идёт СЧ и НЧ?Все зависит от структуры сайта и организации информации. В первую очередь продумайте структуру удобную и понятную для людей. Когда вы поймете какой контент будет лучше разместить на вашей главной, то легко сможете выделить ключи которые лаконично впишутся в этот контент. Почитайте на хабре 14 действенных советов по контент-маркетингу и поищите статьи по теме контент-маркетинга, для лучшего понимания темы.