Если на входе JPG, почему бы не задействовать MJPEG, который по сути просто склеенные в один файл картинки?
ffmpeg -i %d.jpg all.mjpg
Или просто накидать кадров
ffmpeg -framerate 30 -i %d.jpg -codec copy output.mkv
ffmpeg -framerate 30 -i %d.png -codec copy output.mkv
ffmpeg -framerate 30 -i %d.png -codec copy output.mp4
Уточните, зачем такая странная задача. Можно использовать и
Lossless видео-кодеки