Если речь о веб-апи — однозначно REST. Иначе — исходите из задачи и ваших потребностей. Например, если у вас есть база данных пользователей, напишите методы/функции getUserIdList(), getUserById(), и так далее. Объединяйте их в модули/классы в соответствии с функционалом. Скажем, пользователи должны быть отдельно от товаров. Помните об абстракции. Например, если вы вдруг решили кэшировать список id пользователей, интерфейс должен остаться прежним.
А вообще, думается, это приходит с опытом.