Запуск атаки после заливки файла осуществляется через HTTP (а как еще?). Найти файл в фтп-папке с помощью утилиты find по времени создания/изменения, прибить. Проверить список процессов, проверить исходящие соединения (особенно irc). Убедиться, что скрипт не перезапускает сам себя другим процессом. На будущее, разделить папку со скриптами, которые можно запускать, и фтп-папку.