С большей вероятностью вирусы во всех папках всех сайтов, сколько раз удалял и чистил вирусы заказчикам, ну ни разу такого не было, чтобы только в одной папке что-то лежало.
Исключение - только пару хостингов, где файлы сайтов изолированы друг от друга и дальше своего домена вирусня подняться не может.
https://kwork.ru/user/bysel - если вдруг чего, пишите)