Добрый день, вопросов несколько:
- Какая у вас система управления сайтом? какая версия?
- Сколько сайтов на хостинге?
- Сложные ли у вас пароли от админок?
Так же могу посоветовать заказать услугу по очистке хостинга от вирусов -
https://kwork.ru/configuration/6031/udalyu-virusy-... 
