Нет, TRIM это ATA команда самому физическому носителю. У виртуалок в качестве устройства данных наверняка виртуальный диск, который либо проигнорирует команду TRIM, либо пробросит её физическому диску, но он и так у вас периодически тримится гипервизором.
Уточнение согласно ответу АртемЪ:
Это верно только в случае, если гипервизор имеет полную информацию о свободных блоках на диске. Если гипервизор видит лишь набор образов фиксированного размера, в которых могут входить "пустоты" виртуального свободного пространства, оно не будет затронуто тримом.
Но если образ диска занимает только объем, соответствующий реально занятому месту, всё ок.