Как минимум, необходимо хранить историю изменений кода в системе контроля версий (СКВ, англ. VCS) с указанием имени пользователя и эл. почты. Желательно также с цифровой подписью GPG.
Держать хранилище СКВ можно как доступным публично, так и закрытым от публики.
Я полагаю, что для доказательства прав на код необходимо доказывать что:
- код написан вами, а не другим
- код написан ранее других
- код написан в нерабочее время, чтобы работодатель не мог предъявить на него свои права
Нужно понимать, что данный ответ не заменяет юридическую консультацию.